Guía para la publicación de datos e información

Conoce el modelo, procesos, herramientas y mejores prácticas para publicar datos e información a través del SiB Colombia

Los datos e información sobre la biodiversidad de nuestro país son complejos y contienen información taxonómica, geográfica e histórica única, recopilada durante años por científicos, investigadores a través de observaciones o colectas. Esta información es crucial para el correcto entendimiento y gestión de la biodiversidad y los ecosistemas, pero no siempre es fácilmente accesible, o se presenta en formatos que dificultan su interpretación y la interoperabilidad entre distintas fuentes. Actualmente, las organizaciones públicas y privadas quieren gestionar esta información aprovechando los avances tecnológicos, que hoy en día, nos permiten a todos contribuir al conocimiento de nuestra biodiversidad, facilitando de esta manera unas conexiones más robustas entre toda la información.

 

El SiB Colombia facilita la publicación de tres clases de conjuntos de datos, entre otros tipos de información, usando estándares internacionales para datos sobre biodiversidad ampliamente aceptados.

 

A la fecha, solo es posible la publicación de datos e información desde o a través organizaciones. Las personas que deseen publicar, deben buscar el respaldo como publicador a través de sus organizaciones. Aquellas personas involucradas en iniciativas de Ciencia Participativa, pueden publicar sus observaciones de manera indirecta participando en alguno de los numerosos proyectos que se desarrollan en el país y que publican sus conjuntos de datos a través del SiB Colombia.

 

Debido a la diversidad de datos e información sobre biodiversidad que se genera en el país, el SiB Colombia cuenta con tres rutas de publicación diferente. El origen, fuente y tipo de datos o información, definen la ruta. Para identificar la ruta es importante que te hagas las siguientes dos preguntas:

 

Ruta A. Publicación de datos voluntaria

Esta es la ruta de publicación más frecuente, usada para compartir registros biológicos, eventos de muestreo y listas de especies. Al ser una ruta voluntaria, el Equipo Coordinador del SiB Colombia ofrece un acompañamiento para la publicación exitosa de los datos, asegurando que los conjuntos de datos cuentan con la mayor calidad posible.

1. Registra tu organización

Para llegar a ser un publicador de datos a través del SiB Colombia, tu organización debe solicitar un aval y registro a través del Equipo Coordinador del SiB Colombia. Una vez hayas revisado la política de publicación, y estés de acuerdo en compartir datos, debes informar a las directivas de tu organización sobre la importancia de ser un publicador del SiB Colombia y los beneficios para la organización. Es desde esa instancia que una organización toma la decisión de ser publicadora.

 

De ser positiva la decisión, debes solicitar el registro de la organización en el SiB Colombia como publicador de datos e información. La solicitud de registro y aprobación se realiza en línea.

 

El registro de una organización se realiza por una sola vez. Verifica si tu organización ya se encuentra registrada como publicador aquí. Si tu organización ya está registrada, debes acercarte a uno de los contactos allí registrados para obtener información sobre la publicación de tus datos.

2. Prepara los datos para la publicación

Tus datos deben ser organizados en una estructura de tabla utilizando el estándar Darwin Core (DwC). Para familiarizarte con el formato, puedes utilizar las plantilla Excel creadas para registros biológicos, eventos de muestreo y listas de especies.

 

También puedes crear  tu propia plantilla a través del Generador de plantillas DwC-Excel o de manera manual usando la Guía de referencia rápida de elementos Darwin Core.

 

Consulta el vídeo sobre cómo preparar los datos para publicación.

3. Valida la calidad de los datos estandarizados

Puedes validar la calidad del conjunto de datos antes de publicarlo usando la herramienta GBIF Data Validator, que te entrega una serie recomendaciones específicas para mejorarlos y limpiarlos. Este reporte te ayudará a identificar datos duplicados, campos incompletos e inconsistencias en el formato.

 

También puedes validar de manera personalizada tus conjuntos de datos usando la caja de herramientas que dispone el SiB Colombia.

 

Consulta el vídeo sobre cómo validar y mejorar la calidad de un conjunto de datos.

4. Solicita un acompañamiento para la publicación

El SiB Colombia quiere asegurarse que tus conjuntos de datos cuentan con la mayor calidad posible antes de ser publicados. Así que cuando hayas finalizado la preparación de tu conjunto de datos y realizado las correcciones de calidad, debes ponerte en contacto con el Equipo Coordinador a través del correo electrónico sib@humboldt.org.co solicitando un acompañamiento para la publicación.

 

Modelo de correo electrónico:

Asunto: Publicación conjunto de datos – [nombre de la organización publicadora]

Apreciado Equipo Coordinador,

Mi nombre es [nombre de la persona encargada de la publicación], trabajo para [nombre de la organización publicadora] y deseo solicitar un acompañamiento para la publicación de un conjunto de datos que previamente preparé y validé siguiendo las instrucciones del modelo de publicación de datos del SiB Colombia.

El conjunto de datos que deseamos publicar corresponde a…[una breve descripción del conjunto de datos que será publicado. Debe proveer suficiente información para ayudar al Equipo Coordinador a entender su conjunto de datos y la forma en que fueron generados].

Adjunto el conjunto de datos en formato [Excel, TXT o CSV] y quedo atento a los próximos pasos.

Saludo cordial,

[nombre de la persona encargada de la publicación]

Si tu conjunto de datos cuenta con datos relacionados como rasgos funcionales, referencias bibliográficas, secuencias genéticas, imágenes, vídeo, sonidos, entre otros, y deseas que hagan parte de la publicación, recuerda mencionarlo en el correo y el Equipo Coordinador te apoyará en la estructuración y ajuste de estos datos adicionales.

5. Inicia el acompañamiento para la publicación

Sobre tu solicitud, un profesional del Equipo Coordinador del SiB Colombia se pone en contacto contigo y te ofrece el apoyo necesario para la publicación. Este profesional realiza una revisión detallada sobre el conjunto de datos que enviaste, generando un reporte con las sugerencias y recomendaciones, en caso de encontrar vacíos en la calidad de los datos, que deben ser atendidas en el menor tiempo posible.

 

Además de realizar los ajustes solicitados en el conjunto de datos, ten en cuenta que durante el proceso debes avanzar con:

 

La selección de la licencia Creative Commons: Todos los publicadores de datos deben elegir entre unas opciones preestablecidas de licencias y herramientas Creative Commons, que determinará la forma como los comparten y las condiciones que imponen a los usuarios que los reutilicen.

    • CC0, permite cualquier uso sin restricciones, incluso con fines comerciales.
    • CC BY, permite cualquier uso, incluso con fines comerciales, siempre que te sea reconocida la autoría de la publicación.
    • CC BY-NC, permite al público cualquier uso no comercial, siempre que te sea reconocida la autoría de la publicación.

 

La documentación de los metadatos: En un correo del Equipo Coordinador recibes una URL al IPT (la plataforma de publicación de datos del SiB Colombia), con unas credenciales de acceso para iniciar el proceso de documentación de los metadatos del conjunto de datos. En la sección Metadatos de la plataforma, debes documentar toda la información que da contexto a tus datos. En total hay 12 secciones. Cuando hayas completado los metadatos, responde el correo del profesional del Equipo Coordinador indicando que has finalizado la documentación.

 

El profesional del Equipo Coordinador revisa la documentación de metadatos y te informa si debes realizar ajustes.

 

Consulta el vídeo sobre cómo documentar metadatos en el IPT.

 

El proceso de acompañamiento es iterativo, es decir que el conjunto de datos y metadatos puede contar con varias revisiones antes de ser publicado, hasta que se cuenten con todos los mínimos de calidad.

6. Publicación del conjunto de datos

Cuando el conjunto de datos y sus metadatos se encuentran listos, se procede a su publicación. El profesional del Equipo Coordinador del SiB Colombia asigna un Identificador Único Digital (DOI) al conjunto de datos y realiza el registro del mismo en GBIF. Al finalizar el proceso, recibes un correo electrónico con la notificación de la publicación exitosa y los enlaces donde puede ser consultado.

Ruta B. Publicación de datos por permiso de recolección

Esta es la ruta de publicación para aquellos datos asociados a los permisos de recolección de acuerdo a las obligaciones establecidas en los decretos 1376 y 3016 de 2013 -hoy compilados en el decreto 1076 de 2015 de la normativa colombiana-, y que no desean seguir la ruta voluntaria. La acción de compartir datos a través de esta ruta se conoce como “Publicación CR-SiB” y se diferencia de la ruta anterior principalmente porque no sucede bajo un esquema voluntario y es un proceso de autogestión que no involucra un acompañamiento directo el Equipo Coordinador.

Los datos que se reportan a través de esta ruta generalmente corresponden a registros biológicos.

Si eres titular de un permiso de recolección y usas esta ruta de publicación, debes tener en cuenta que tus conjuntos de datos:

  • No contarán con un Identificador Único Digital (DOI).
  • No será indexados en los portales de datos del SiB Colombia y GBIF.
  • No se verán reflejados en la actividad de publicación mensual que genera el SiB Colombia.

Si deseas estos beneficios en la publicación de tus conjuntos de datos, usa la Ruta A y el Equipo Coordinador te garantizará el certificado de publicación al final del proceso.

1. Registra al titular del permiso

Una vez hayas revisado la política de publicación, y estés de acuerdo en compartir datos, debes solicitar el registro del titular en el SiB Colombia como publicador de datos. La solicitud de registro y credenciales se realiza en línea.

 

El registro de un titular de permiso de colecta se realiza por una sola vez. Verifica si el titular de tu permiso ya se encuentra registrado aquí. Si el titular ya está registrado, debes acercarte a uno de los contactos allí registrados para obtener información sobre la publicación de tus datos y las credenciales de acceso.

2. Prepara los datos para la publicación

Tus datos deben ser organizados en una estructura de tabla utilizando el estándar Darwin Core (DwC). Para familiarizarte con el formato, debes utilizar las plantilla Excel creada para registros biológicos.

 

Consulta el vídeo sobre cómo preparar los datos para publicación.

3. Valida el conjunto de datos estandarizado

Ahora debes validar el conjunto de datos antes de publicarlo usando el Procesador de Datos CR-SiB. La herramienta valida la sintaxis del conjunto de datos, y de ser correcta, transforma la plantilla Excel en un Darwin Core Archive (formato de archivo .zip). Guarda este archivo para el siguiente paso.

 

Ten en cuenta que la herramienta no hace validaciones de la calidad de los datos, y la responsabilidad de dicha validación es tuya. Ejemplo: identificar datos duplicados, campos incompletos, inconsistencias taxonómicas y geográficas, entre otros. Puedes validar tus conjuntos de datos usando la caja de herramientas que dispone el SiB Colombia.

 

Consulta el vídeo sobre cómo validar y mejorar la calidad de un conjunto de datos.

4. Publica el conjunto de datos

Con las credenciales asignadas por el Equipo Coordinador, debes acceder a la Plataforma CR-SiB y hacer la carga del Darwin Core Archive generado en el Procesador de Datos CR-SiB.

 

Una vez cargados los datos, debes realizar la documentación de los metadatos del conjunto de datos que acabas de cargar. Cuando hayas completado los metadatos, se habilita un botón de descarga del certificado de publicación.

 

Ten en cuenta que, una vez finalizado el proceso no podrás hacer modificaciones a la publicación. Si llegara a ser el caso, debes ponerte en contacto con el Equipo Coordinador a través del correo electrónico sib@humboldt.org.co solicitando la anulación de la publicación e iniciar nuevamente el proceso desde el paso 2.

 

Modelo de correo electrónico:

Asunto: Anulación publicación CR-SiB – [Número del certificado de la publicación]

Apreciado Equipo Coordinador,

Mi nombre es [nombre de la persona encargada de la publicación], trabajo para [nombre del titular del permiso] y deseo solicitar la anulación de un conjunto de datos que previamente publiqué a través de la plataforma CR-SiB.

La anulación de esta publicación se debe a…[una breve explicación de la razón por la que se requiere eliminar el recurso (ej. error en el número de permiso, datos duplicados, campos vacíos, error en los metadatos, etc.). Debe proveer suficiente información para ayudar al Equipo Coordinador y la Autoridad Ambiental a entender el por qué de su anulación].

Los datos asociados a la publicación que debe ser anulada son:

      • Titular del permiso: [nombre del titular del permiso]
      • Identificación del titular: [NIT. o CC. del titular del permiso]
      • Número del permiso: [número del permiso que ampara la publicación]
      • Autoridad ambiental:  [nombre de la AA que otorgó el permiso]
      • Nombre de la publicación: [Título asignado a la publicación]
      • Número del certificado: [Número del certificado de la publicación]
      • URL: [Enlace web a la publicación]

Saludo cordial,

[nombre de la persona encargada de la publicación]

5. Descarga el certificado de publicación

Una vez hayas finalizado el proceso, puedes descargar el certificado de publicación (archivo PDF). Este certificado indica que los datos, generados en el marco de un permiso de recolección, han sido publicados a través de la plataforma CR-SiB. Este certificado es el soporte exigido por parte de la autoridad ambiental como evidencia de la publicación de los datos a través del SiB Colombia.

Ruta C. Publicación de fichas de especies

Esta es la ruta de publicación usada para compartir información sintetizada confiable y robusta sobre el conocimiento existente de nuestras especies. La fichas de especies generalmente incluyen información sobre historia natural, distribución, hábitat, usos, taxonomía, nombres comunes, videos, imágenes, sonidos, bibliografía relacionada, entre otros.

El Equipo Coordinador realiza un acompañamiento a los publicadores para seleccionar las especies o taxa, verificar la información ya existente en el SiB Colombia y definir los elementos a documentar en una ficha.

1. Registra tu organización

Para llegar a ser un publicador de información a través del SiB Colombia, tu organización debe solicitar un aval y registro a través del Equipo Coordinador del SiB Colombia. Una vez hayas revisado la política de publicación, y estés de acuerdo en compartir, debes informar a las directivas de tu organización sobre la importancia de ser un publicador del SiB Colombia y los beneficios para la organización. Es desde esa instancia que una organización toma la decisión de ser publicadora.

 

De ser positiva la decisión, debes solicitar el registro de la organización en el SiB Colombia como publicador de datos e información. La solicitud de registro y aprobación se realiza se realiza en línea.

 

El registro de una organización se realiza por una sola vez. Verifica si tu organización ya se encuentra registrada como publicadora aquí. Si tu organización ya está registrada, debes acercarte a uno de los contactos allí registrados para obtener información sobre la publicación de fichas de especies.

2. Prepara los contenidos de las fichas

La información para una ficha debe estar organizada en un documento Word, utilizando el estándar Plinian Core (PliC). Para familiarizarte con el formato, puedes utilizar las plantilla Word creada para fichas de especies. También puedes crear tu propia plantilla usando la Guía de referencia rápida de elementos Plinian Core.

 

Para que la preparación de contenidos te recomendamos:

  1. Seleccionar las especies para las cuales deseas publicar información.
  2. Definir los elementos o atributos del estándar para los cuales se desea publicar información.
  3. Seleccionar las fuentes de información (artículos científicos, revistas, libros, capítulos de libros, tesis, monografías, textos académicos, sitios web reconocidos, otros catálogos de especies, fotos, videos, mapas, etc.).
  4. Sintetizar y adaptar los textos para cada uno de los atributos definidos. Recuerda que cualquier información que se utilice debe estar debidamente citada y referenciada.
  5. Consolidar las referencias bibliográficas en un gestor bibliográfico. Ejemplo: Mendeley.
  6. Realizar un proceso general de revisión y validación de la información sintetizada. Este proceso te ayudará a identificar y corregir potenciales vacíos en la información preparada.

3. Solicita un acompañamiento para la publicación

El SiB Colombia quiere asegurarse que los contenidos de tus fichas cuentan con la mayor calidad posible antes de ser publicados. Así que cuando hayas finalizado la preparación de tus fichas, debes ponerte en contacto con el Equipo Coordinador a través del correo electrónico sib@humboldt.org.co solicitando un acompañamiento para la publicación.

 

Modelo de correo electrónico:

Asunto: Publicación fichas de especies – [nombre de la organización publicadora]

Apreciado Equipo Coordinador,

Mi nombre es [nombre de la persona encargada de la creación y publicación], trabajo para [nombre de la organización publicadora] y deseo solicitar un acompañamiento para la publicación de un conjunto de fichas de especies que previamente preparé y validé siguiendo las instrucciones del modelo de publicación del SiB Colombia.

El conjunto de fichas de especies que deseamos publicar corresponde a… [una breve descripción del conjunto de fichas de especies que será publicado. Debe proveer suficiente información para ayudar al Equipo Coordinador a entender su conjunto de fichas y la forma en que fueron generadas].

Adjunto el conjunto de fichas de especies en formato Word y quedo atento a los próximos pasos.

Saludo cordial,

[nombre de la persona encargada de la creación y publicación]

4. Inicia el acompañamiento para la publicación

Sobre tu solicitud, un profesional del Equipo Coordinador del SiB Colombia se pone en contacto contigo y te ofrece el apoyo necesario para la publicación. Este profesional realiza una revisión detallada sobre el conjunto de fichas de especies que enviaste, generando un reporte con las sugerencias y recomendaciones, en caso de encontrar vacíos, que deben ser atendidas en el menor tiempo posible.

 

Además de realizar los ajustes solicitados al conjunto de fichas, ten en cuenta que durante el proceso debes avanzar con la selección de la licencia Creative Commons. Todos los publicadores de información deben elegir entre unas opciones preestablecidas de licencias y herramientas, que determinará la forma como los comparten y las condiciones que imponen a los usuarios que los reutilicen.

  • CC0, permite cualquier uso sin restricciones, incluso con fines comerciales.
  • CC BY, permite cualquier uso, incluso con fines comerciales, siempre que te sea reconocida la autoría de la publicación.
  • CC BY-NC, permite al público cualquier uso no comercial, siempre que te sea reconocida la autoría de la publicación.
  • CC BY-SA, permite cualquier uso, incluso con fines comerciales, siempre que te sea reconocida la autoría de la publicación y licencie su nueva creación bajo las mismas condiciones.
  • CC BY-SA-NC, permite al público cualquier uso no comercial, siempre que te sea reconocida la autoría de la publicación y licencie su nueva creación bajo las mismas condiciones.

 

El proceso de acompañamiento es iterativo, es decir que el conjunto de fichas puede contar con varias revisiones antes de ser publicado.

5. Publicación del conjunto de fichas

Cuando el conjunto de fichas se encuentra listo, se procede a su publicación. El profesional del Equipo Coordinador del SiB Colombia te asigna unas credenciales de acceso al Editor en línea de Fichas de Especies para que realices la carga de los contenidos.

 

Cuando hayas completado el proceso, ponte en contacto con el profesional del Equipo Coordinador que te está acompañando, indicando que has finalizado la carga de las fichas de especies.

 

Luego de un proceso de verificación, recibirás un correo electrónico con la notificación de la publicación exitosa y los enlaces donde pueden ser consultadas.

Por qué publicar datos abiertos sobre biodiversidad

Una parte importante de la misión del SiB Colombia es promover una cultura en el que todas las personas reconozcan los beneficios de publicar datos abiertos sobre biodiversidad, tanto para quien los publica, como para la sociedad en general.

  • Al hacer que tus datos sean visibles y accesibles a través del SiB Colombia y otras infraestructuras de información como GBIF y OBIS, contribuyes al conocimiento global sobre la biodiversidad y, por tanto, a las soluciones que promueven su conservación y uso sostenible.
  • Facilita la integración de conjuntos de datos en todo el mundo y descubrir nuevas oportunidades de colaboración entre los propietarios de los datos y otros investigadores.
  • Permite a las personas y organizaciones obtener visibilidad y reconocimiento apropiado por su trabajo como generadores y curadores de datos sobre biodiversidad. El reconocimiento será mayor si eres autor de un artículo de datos revisado por pares, obteniendo el reconocimiento académico tradicional por la publicación de conjuntos de datos sobre biodiversidad.
  • Facilita rastrear el uso y las citas de los conjuntos de datos publicados y a los que se accede a través del SiB Colombia e infraestructuras similares (GBIF, OBIS).
  • Algunas agencias financiadoras ahora exigen que los investigadores y organizaciones que reciben sus fondos, cuenten con un plan de gestión de datos que incluya su publicación abierta al final de un proyecto, a través de plataformas como el SiB Colombia.
  • Contribuye a las Metas Aichi 2010-2020 del CDB, en especial las metas 9 (especies invasoras), 11 (áreas protegidas), 12 (especies amenazadas) y 19 (gestión del conocimiento).
  • Aporta a la evaluación de los ODS 14 (vida submarina) y 15 (vida de ecosistemas terrestres).
  • Permite que instancias intergubernamentales como GEO-BON e IPBES puedan construir modelos y evaluaciones de la biodiversidad respectivamente, a diferentes escalas.