El Herbario de la Universidad de Caldas nació en 1954 con 4.000 ejemplares que se compraron por 4.000 pesos para apoyar la carrera de agronomía. Debido a su interés académico y al programa al que estaba asociada, en ese entonces la Colección sólo tenía especies de importancia económica.

A principios de los setentas, tuvo lugar la primera expedición de colecta al Parque Nacional de los Nevados, a la cual asistió el responsable del Herbario en ese entonces. Fue un evento que marcó un cambio en la Colección, ya que fue el primer muestreo que se realizó afuera de Manizales. Desde ese momento, el Herbario comenzó a alternar su apoyo a la facultad de agronomía con estudios de biodiversidad, aunque la facultad de biología no se crearía si no hasta finales de los noventas.

En 1979, tras un fuerte terremoto que azotó al país y en medio de una difícil situación política, el Ejército se tomó la Universidad y el Herbario fue destruido. Tiempo después, recuperado el orden, estudiantes de arquitectura lograron salvar algunos ejemplares.

Desde los noventas, el objetivo central del herbario ha sido inventariar la flora caldense, y en la actualidad custodia más de 20.000 especímenes provenientes de este departamento.